کتاب تحلیل داده های بیانی (ریز آرایه و توالی یابی RNA)

کتاب تحلیل داده های بیانی (ریز آرایه و توالی یابی RNA) نوشته مسعود توحیدفر، به بررسی روش‌ها و ابزارهای تحلیل داده‌های بیانی ژن، به‌ویژه ریزآرایه‌ها و توالی‌یابی نسل جدید، می‌پردازد و آن‌ها را به صورت عملی آموزش می‌دهد. این کتاب تلاش می‌کند مفاهیم نظری و کاربردهای عملی در آزمایشگاه و تحلیل داده را به هم پیوند بزند و راهنمایی کامل برای دانشجویان و پژوهشگران حوزه‌ی زیست‌شناسی مولکولی و بیوانفورماتیک باشد. انتشارات دانشگاه شهید بهشتی این کتاب را منتشر کرده است. نسخه الکترونیکی این اثر را می‌توانید از طاقچه خرید و دانلود کنید.

درباره کتاب تحلیل داده های بیانی (ریز آرایه و توالی یابی RNA)

کتاب تحلیل داده های بیانی (ریز آرایه و توالی یابی RNA) تألیف مسعود توحیدفر، به یکی از مهم‌ترین حوزه‌های زیست‌شناسی مولکولی و بیوانفورماتیک می‌پردازد: تحلیل داده‌های بیانی ژن با استفاده از فناوری‌های ریزآرایه و توالی‌یابی نسل جدید. توحیدفر تلاش کرده تا با ارائه‌ی توضیحات نظری و آموزش‌های گام‌به‌گام عملی، پلی میان مفاهیم تئوریک و کاربردهای عملی در آزمایشگاه و تحلیل داده ایجاد کند. 

کتاب تحلیل داده های بیانی (ریز آرایه و توالی یابی RNA) علاوه بر معرفی پایگاه‌های داده و نرم‌افزارهای تخصصی، به آموزش کار با محیط لینوکس و برنامه‌نویسی برای تحلیل داده‌های حجیم نیز می‌پردازد. همچنین به شبکه‌های زیستی و روش‌های مدل‌سازی و تحلیل آن‌ها اشاره شده است. این کتاب برای دانشجویان و پژوهشگران رشته‌های زیست‌شناسی، ژنتیک، بیوانفورماتیک و علوم مرتبط، منبعی برای یادگیری و اجرای تحلیل‌های داده‌های بیانی محسوب می‌شود.

خلاصه کتاب تحلیل داده های بیانی (ریز آرایه و توالی یابی RNA)

در کتاب تحلیل داده های بیانی (ریز آرایه و توالی یابی RNA) ابتدا مفاهیم پایه‌ای مانند انواع ریزآرایه (تک‌کاناله و دوکاناله)، نحوه‌ی نشاندار کردن نمونه‌ها با رنگ‌های فلورسنت و مقایسه داده‌های حاصل از سلول‌های مختلف شرح داده می‌شود. سپس، پایگاه‌های داده‌ی بیانی و روش‌های استخراج و تحلیل داده‌های خام معرفی می‌شوند و اهمیت نرمال‌سازی و کنترل کیفیت داده‌ها مورد بحث قرار می‌گیرد. 

در ادامه، کتاب به آموزش عملی تحلیل داده‌های ریزآرایه با نرم‌افزارهای تخصصی و دستورات برنامه‌نویسی می‌پردازد و مثال‌هایی از تحلیل داده‌های واقعی ارائه می‌دهد. بخش مهمی از کتاب به توالی‌یابی نسل جدید اختصاص دارد. همچنین، روش‌های ارزیابی کیفیت داده‌های توالی‌یابی و پاکسازی داده‌های معیوب شرح داده شده است. 

در فصل‌های پایانی، مفاهیم شبکه‌های زیستی، انواع شبکه‌ها، اجزای آن‌ها و روش‌های مدل‌سازی و تحلیل شبکه‌های ژنی و پروتئینی مطرح می‌شود. کتاب با معرفی ابزارهای بیوانفورماتیکی و نرم‌افزارهای مورد نیاز برای تحلیل داده‌های بیانی و شبکه‌های زیستی به پایان می‌رسد.

چرا باید کتاب تحلیل داده های بیانی (ریز آرایه و توالی یابی RNA) را بخوانیم؟

این کتاب با ترکیب مباحث نظری و آموزش‌های عملی، به خواننده امکان می‌دهد تا تحلیل داده‌های بیانی ژن را از مرحله‌ی استخراج داده تا تفسیر نتایج به‌ صورت گام‌به‌گام بیاموزد. استفاده از مثال‌های واقعی و آموزش کار با نرم‌افزارهای تخصصی، به‌ویژه در محیط لینوکس، باعث می‌شود مخاطب بتواند مهارت‌های لازم برای تحلیل داده‌های حجیم زیستی را کسب کند. همچنین، پرداختن به شبکه‌های زیستی و مدل‌سازی آن‌ها، دید جامعی از کاربردهای داده‌های بیانی در پژوهش‌های زیست‌شناسی و پزشکی ارائه می‌دهد.

خواندن کتاب تحلیل داده های بیانی (ریز آرایه و توالی یابی RNA) را به چه کسانی پیشنهاد می‌کنیم؟

این راهنما برای دانشجویان و پژوهشگران رشته‌های زیست‌شناسی، ژنتیک، بیوانفورماتیک و علوم پزشکی که با داده‌های بیانی ژن سروکار دارند مناسب است. همچنین برای کسانی که قصد دارند تحلیل داده‌های ریزآرایه و توالی‌یابی نسل جدید را به‌ صورت عملی یاد بگیرند، راهنمایی کاربردی فراهم می‌کند.

بخشی از کتاب تحلیل داده های بیانی (ریز آرایه و توالی یابی RNA)

«بیان ژن فرایندی است که طی آن اطلاعات ژنی هر موجودی به RNA تبدیل می‌شود؛ در واقع، سطح رونوشت سلولی به مجموعۀ نسخه‌های RNA در نوع خاصی از سلول یا بافت در شرایط ویژه‌ای از رشد یا تحت شرایط فیزیولوژی خاص اطلاق می‌شود، شامل RNA پیام‌رسان (mRNA)، RNA ناقل (tRNA) و RNA کدگذاری نشده. زمان و مکان بیان ژن در قالب فرایند تنظیم ژن تعریف می‌شود. در اصل فرایند تنظیم ژن به بافت اجازه می‌دهد پروتئین‌های مورد نیاز را در زمان مناسب و به میزان مشخص تولید کند. به همین دلیل در سلول در زمانی مشخص همۀ ژن‌ها بیان نمی‌شوند، بلکه تعدادی از آن‌ها بیان می‌شوند؛ این فرایند را الگوی بیان ژن می‌نامند. تعیین الگوی بیان ژن یکی از مطالعات اصلی پاسخ سلول به شرایط داخل و خارج سلول است که با رونویسی تنظیم می‌شود. با بررسی الگوی بیانی متفاوت و ناشی از تفاوت ژنتیکی و عوامل محیطی می‌توان به عملکرد ژن و سلول پی برد. گاه می‌توان از الگوی بیانی به منزلۀ «نشانگر زیستی» (بیومارکر) استفاده کرد. نشانگر زیستی مشخصۀ صفتی خاص همچون بیماری، تحمل و حساسیت است.»