کتاب تحلیل داده های بیانی (ریز آرایه و توالی یابی RNA)

معرفی کتاب تحلیل داده های بیانی (ریز آرایه و توالی یابی RNA)

کتاب الکترونیکی «تحلیل داده‌های بیانی (ریز آرایه و توالی‌بابی 1*۳۷۸)؛ از نظریه تا عمل» نوشتهٔ «مسعود توحیدفر» و با ویراستاری «زهرا جلال‌زاده» توسط مرکز چاپ و انتشارات دانشگاه شهید بهشتی منتشر شده است. این کتاب به بررسی روش‌ها و ابزارهای تحلیل داده‌های بیانی ژن، به‌ویژه ریزآرایه‌ها و توالی‌یابی نسل جدید، می‌پردازد و راهنمایی عملی برای دانشجویان و پژوهشگران حوزه زیست‌شناسی مولکولی و بیوانفورماتیک فراهم می‌کند. نسخه الکترونیکی این اثر را می‌توانید از طاقچه خرید و دانلود کنید.

درباره کتاب تحلیل داده های بیانی (ریز آرایه و توالی یابی RNA)

این کتاب به یکی از مهم‌ترین حوزه‌های زیست‌شناسی مولکولی و بیوانفورماتیک می‌پردازد: تحلیل داده‌های بیانی ژن با استفاده از فناوری‌های ریزآرایه و توالی‌یابی نسل جدید. اثر حاضر در دوره‌ای نوشته شده که پیشرفت‌های فناورانه در تعیین توالی ژنوم و ابزارهای محاسباتی، امکان بررسی هم‌زمان هزاران ژن را فراهم کرده است. نویسنده تلاش کرده است تا با ارائه توضیحات نظری و آموزش‌های گام‌به‌گام عملی، پلی میان مفاهیم تئوریک و کاربردهای عملی در آزمایشگاه و تحلیل داده ایجاد کند. کتاب علاوه بر معرفی پایگاه‌های داده و نرم‌افزارهای تخصصی، به آموزش کار با محیط لینوکس و برنامه‌نویسی برای تحلیل داده‌های حجیم نیز می‌پردازد. همچنین، در فصل‌های پایانی به شبکه‌های زیستی و روش‌های مدل‌سازی و تحلیل آن‌ها اشاره شده است. این کتاب برای دانشجویان و پژوهشگران رشته‌های زیست‌شناسی، ژنتیک، بیوانفورماتیک و علوم مرتبط، منبعی برای یادگیری و اجرای تحلیل‌های داده‌های بیانی محسوب می‌شود.

خلاصه کتاب تحلیل داده های بیانی (ریز آرایه و توالی یابی RNA)

این کتاب با مروری بر اهمیت بررسی بیان ژن در سلول‌های سالم و بیمار آغاز می‌شود و توضیح می‌دهد که چگونه فناوری‌های ریزآرایه و توالی‌یابی نسل جدید، امکان تحلیل هم‌زمان هزاران ژن را فراهم کرده‌اند. ابتدا مفاهیم پایه‌ای مانند انواع ریزآرایه (تک‌کاناله و دوکاناله)، نحوه نشاندار کردن نمونه‌ها با رنگ‌های فلورسنت و مقایسه داده‌های حاصل از سلول‌های مختلف شرح داده می‌شود. سپس، پایگاه‌های دادهٔ بیانی و روش‌های استخراج و تحلیل داده‌های خام معرفی می‌شوند و اهمیت نرمال‌سازی و کنترل کیفیت داده‌ها مورد بحث قرار می‌گیرد. در ادامه، کتاب به آموزش عملی تحلیل داده‌های ریزآرایه با نرم‌افزارهای تخصصی و دستورات برنامه‌نویسی می‌پردازد و مثال‌هایی از تحلیل داده‌های واقعی ارائه می‌دهد. بخش مهمی از کتاب به توالی‌یابی نسل جدید اختصاص دارد؛ از آماده‌سازی نمونه‌ها و ساخت کتابخانه تا مراحل توالی‌یابی، پوشش‌دهی، هم‌ردیفی خوانش‌ها با ژنوم مرجع و سرهم‌کردن رونوشت‌ها. همچنین، روش‌های ارزیابی کیفیت داده‌های توالی‌یابی و پاکسازی داده‌های معیوب شرح داده شده است. در فصل‌های پایانی، مفاهیم شبکه‌های زیستی، انواع شبکه‌ها، اجزای آن‌ها و روش‌های مدل‌سازی و تحلیل شبکه‌های ژنی و پروتئینی مطرح می‌شود. کتاب با معرفی ابزارهای بیوانفورماتیکی و نرم‌افزارهای مورد نیاز برای تحلیل داده‌های بیانی و شبکه‌های زیستی به پایان می‌رسد.

چرا باید کتاب تحلیل داده های بیانی (ریز آرایه و توالی یابی RNA) را خواند؟

این کتاب با ترکیب مباحث نظری و آموزش‌های عملی، به خواننده امکان می‌دهد تا تحلیل داده‌های بیانی ژن را از مرحله استخراج داده تا تفسیر نتایج به‌صورت گام‌به‌گام بیاموزد. استفاده از مثال‌های واقعی و آموزش کار با نرم‌افزارهای تخصصی، به ویژه در محیط لینوکس، باعث می‌شود مخاطب بتواند مهارت‌های لازم برای تحلیل داده‌های حجیم زیستی را کسب کند. همچنین، پرداختن به شبکه‌های زیستی و مدل‌سازی آن‌ها، دید جامعی از کاربردهای داده‌های بیانی در پژوهش‌های زیست‌شناسی و پزشکی ارائه می‌دهد.

خواندن کتاب تحلیل داده های بیانی (ریز آرایه و توالی یابی RNA) را به چه کسانی پیشنهاد می‌کنیم؟

این کتاب برای دانشجویان و پژوهشگران رشته‌های زیست‌شناسی، ژنتیک، بیوانفورماتیک و علوم پزشکی که با داده‌های بیانی ژن سروکار دارند مناسب است. همچنین برای کسانی که قصد دارند تحلیل داده‌های ریزآرایه و توالی‌یابی نسل جدید را به‌صورت عملی یاد بگیرند، راهنمایی کاربردی فراهم می‌کند.

فهرست کتاب تحلیل داده های بیانی (ریز آرایه و توالی یابی RNA)

- فصل ۱: داده‌های بیانی ریزآرایه مقدمه‌ای بر بیان ژن، انواع ریزآرایه (تک‌کاناله و دوکاناله)، مقایسه آن‌ها، معرفی پایگاه‌های داده بیانی و روش‌های تعیین کیفیت داده‌های خام. - فصل ۲: تحلیل داده‌های ریزآرایه آموزش تحلیل داده‌های ریزآرایه با نرم‌افزارهای تخصصی و دستورات برنامه‌نویسی، مثال‌های عملی از تحلیل داده‌های واقعی، و روش‌های نرمال‌سازی و کنترل کیفیت داده‌ها. - فصل ۳: روش‌ها و مراحل توالی‌یابی نسل جدید توضیح مراحل آماده‌سازی نمونه، ساخت کتابخانه، توالی‌یابی، پوشش‌دهی، هم‌ردیفی خوانش‌ها با ژنوم مرجع، سرهم‌کردن رونوشت‌ها و ارزیابی کیفیت داده‌های توالی‌یابی. - فصل ۴: تحلیل داده‌های توالی‌یابی نسل جدید آموزش کار با محیط لینوکس، دستورات پایه‌ای، تحلیل عملی داده‌های توالی‌یابی، پاکسازی و پیرایش داده‌ها، و استفاده از نرم‌افزارهای تخصصی برای تحلیل داده‌های حجیم. - فصل ۵: شبکه‌های زیستی معرفی شبکه‌های زیستی، انواع شبکه‌ها، اجزای شبکه، روش‌های مدل‌سازی و تحلیل شبکه‌های ژنی و پروتئینی، و کاربردهای آن‌ها در زیست‌شناسی سامانه‌ای.

بخشی از کتاب تحلیل داده های بیانی (ریز آرایه و توالی یابی RNA)

«دو پیشرفت مهم. یکی در حوزة زیست‌شناسی مولکولی و دیگری در فناوری. باعث شد تا امکان بررسی بیان تعداد زیادی ژن و بررسی اثر هر ژن در فعل‌وانفعالات زیستی سلول فراهم شود. پیشرفت نخست که حاصل توالی‌یابی ژنوم موجودات مختلف است، باعث شد تا حجم زیادی اطلاعات دربارهٔ ژن‌ها و توالی آن‌ها به‌دست آید. پیشرفت دوم در تعیین عملکرد ژن‌ها، عبارت بود از فناوری ریزآرایه و توالی‌یابی نسل جدید. در هر دو روش برای بررسی بیان ژن از توان عملیاتی بالا استفاده می‌شود؛ به این مفهوم که هم‌زمان می‌توان بیان تعداد زیادی ژن یا الگوی بیان ژن‌ها را بررسی کرد. از نظر کاربردی، بررسی الگوی بیان ژن در سلول سالم و بیمار، به دانشمندان در درک درست علل بیماری و درنهایت، تشخیص آن کمک می‌کند. در موجودات، تعداد زیادی ژن وجود دارد که بیان تعداد خاصی از آن‌ها باعث می‌شود تا سلول به اندام خاصی تبدیل شوند. با استفاده از روش‌های مرسوم مولکولی، می‌توان بیان یک ژن یا حداکثر چند ژن خاص را مطالعه کرد. بااین‌حال، بررسی هم‌زمان تعداد زیادی ژن کاری سخت و دشوار است. فناوری نوین توالی‌یابی نسل جدید در رشته‌های مختلف علوم زیستی تحول شگرفی ایجاد کرده و امکان بررسی اساس ژنتیکی بسیاری از پدیده‌های سلولی را فراهم کرده است. امروزه با گسترش فناوری‌های نوین ریزآرایه و توالی‌یابی نسل جدید برای درک بهتر فرایندهای مولکولی در تشخیص مسیرهای بیوشیمیایی دخیل در مکانیسم بیماری در موجودات گامی بلند برداشته شده است.»