زرقاوی بهخصوص از شیعیان (یکی از دو شاخهٔ اصلی اسلام) متنفر بود. او سنی بود و با این باورِ شیعیان مخالف بود که داماد محمد [ص] و فرزندان ذکورش معصوماند و تنها رهبرانِ دینی و سیاسیِ مشروع در صدر اسلاماند. همچنین معتقد بود ایران، که یک دولت شیعی مدرن است، با غرب همدست شده تا سنیها را زیر فشار بگذارد.