امام خمینی در حکم خود، برای انتصاب حجتالاسلام خلخالی در تاریخ ۵ اسفند ۱۳۵۷، عنوان کردند «به جنابعالی مأموریت داده میشود تا در دادگاهی که برای محاکمهٔ متهمین و زندانیان تشکیل میشود، حضور به هم رسانده و پس از تمامیت مقدمات محاکمه، با موازین شرعیه، حکم شرعی صادر کنید.» آیتالله منتظری در خاطرات خود عنوان کرده است که آقای خلخالی «تنها قاضی منصوب امام خمینی» بود:
فقط آقا