تحلیل سوم از آشنایی کامل اسماعیل با آموزههای مذهب زیدی و تشیع دوازدهامامی سخن میگوید. در این تحلیل، شاه اسماعیل و اطرافیانش با اطلاع از شرایط انتخاب امام در مذهب زیدیه و نظریۀ غیبت امام در مذهب تشیع دوازدهامامی، مذهب تشیع دوازدهامامی را برگزیدند. در تشیع زیدی، انتخاب و خروج امام شرایط بسیار سهلی دارد و تنها داشتن نسب فاطمی و جهاد با شمشیر علیه حکومت وقت برای امام نامیدن یک نفر کفایت میکند. از همین رو ممکن بود اعلام تشیع زیدی در حکم مذهب رسمی، در ادامه شاه اسماعیل را با شورشهای مستمرِ مدعیان امامت مواجه کند. اما در تشیع دوازدهامامی با توجه به غیبت امام و نبود زمان مشخصی برای ظهور، اسماعیل میتوانست خود را نایب امام و حتی خود امام غایب بنامد، چنانکه در اشعار منتسب به او به این مضامین برمیخوریم.