پاستور همچنین راههایی برای پیشگیری از بعضی بیماریها یافت. برای مثال در سال ۱۸۵۴ او ثابت کرد که میتوان میکروبهای عامل تخمیر ناخوشایند شراب را با حرارت دادن از بین برد. این روش بعدها پاستوریزاسیون نامیده شد و برای شیر و سایر مایعات به کار رفت تا میکروبهای بیماریزای موجود در آنها را از بین ببرد. با پاستوریزاسیون شیر جلوی یکی از راههای انتشار سل گرفته شد.